明代之興,起自紅巾,紅巾之始,創自韓山童,以儒生入道教,假金仙彌勒之名,稱彌勒教,秘密宣傳復國,又自謂係宋後,用心良苦,歷時多年,徒眾大盛,因元失政,起而舉事,初遭失敗,山童以身殉難,而徒眾分南瑣、北瑣,各地競起。
明太祖朱元璋乃紅巾之部將,艱難百戰,平復中華,顧其人陰鷙,深知道教崇尚慈愛自然,且言大道靡常,惟德是歸,不利於專制統治,故得志後,雖表面尊崇道教,實際則摧抑道教,乃使道教思想完全脫離塵俗,不涉世事,又改封天師為真人,專司醮齋祀典,道眾傳習更多例禁,至是道教型態大變。歷清尤然,雖道教學術思想,明清兩代之學人、才士仍多私習;民間敬神祭祖亦延道流,社會間,忠誠、信篤、守分、知足之習慣,皆本於道教,而道教之本旨彌晦,學說事功,日形寖微,甚且苗夷巫術、市井游閒,以及種種愚昧落伍之迷信行為,皆託名依附於道教。其流弊至清末義和團而極,道教蒙謗日久,積非叢尤,士人更多以淺見詆譭道教。惟道教中,天師派、全真派尚格守道職,繩繩不絕,為全國道教之中心。此外如川楚間之白蓮教、北方之天理教,雖係支流,而當清廷威臨天下之時,教中志士仁人因民族大義,起而反抗,奮揚飆舉,震鑠一時,功雖不成,而道教之潛在力量,正復可驚。故言中國過去道教之沿革,實與中國之學術思想史、政治思想史、民族革命史,皆不可分。